小田原城開城の際、隠居の氏政及び氏照は切腹、鉢形城で捕虜となった氏邦は出家となり前田家に預けられた。当主の氏直は助命されて高野山に流された。謹慎処分中とはいえ大名待遇の1万石を家臣や家の維持費用に給されていた。翌1591年、領土喪失のショックで鬱状態だったと言われる[要出典]氏直は疱瘡で死去。近いうちに国持大名として氏直が再封される予定があったともされている。氏直の遺跡は養子の氏盛（叔父氏規の子）が継いだ。実子に氏次がいたとされるが、実在は疑問視されている。氏直の義父であり、同盟関係にあった家康が天下を掌握すると、縁故の数家が再興されている。
10万の動員を可能とした北条の戦力は伊達氏・北条氏・徳川氏・長宗我部氏、織田信雄を結ぶブロックの形成をも見据えた構えを示し、関東自立を目指した。
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早雲の代に上杉配下の幕僚であった太田道灌の発案という足軽の軍制を採用し、各城下に侍の屯所である根小屋と技術者保護のための職人町を築いて兵農分離をいちはやく志向した。冑類の生産は全国有数の規模であり、鉄砲の導入にも積極的であった。
また小田原城を中心とした本城支城体制を確立した。各城はランク付がなされ、城主は人事異動・昇降格により配置換えがなされるという、近代的なシステムであった。
技能集団として「忍者」の実態には諸説あるが、傭兵や後代の賤民集団に繋がる人達であったと解釈される場合が多い。例外的に当家の風魔小太郎は「歴（れっき）とした士分」として国政に参加していた記録が残っている。
内政に優れた大名として知られている。早雲以来、直轄領では日本史上最も低いと言われる四公六民の税制をひき、代替わりの際などに大掛かりな検地などを行うことで在地の国人に税調を託さずに中間搾取を排し、飢饉の際に減税を施すなど公正な民政により安定した領国経営を実現した。江戸期に一般化する村請制度のさきがけと言える。
家庭内において、正室が重んじられ一族のほとんどが同母兄弟となっている。これらの政策により、末期の混乱に至るまでは家臣の離反や継嫡騒動の見られない希有な戦国大名だった。近隣の武田氏、今川氏などの家中が混乱を極めたことと比すると特長が映える。
東国において、古河足利氏、両上杉氏、佐竹氏など血筋を誇って同族間での相克を繰り返し国人の連合を戦力とした旧体制に対して、定期の小田原評定による合議制や虎の印判による文書官製など創業時の室町幕府系家臣団由来によるシステムの整った官僚制をもって力を蓄えた。飢饉の年次に家督交代して徳政令を施すなど、地方にあっては極めて稀有な組織的に洗練された家中体制であったと評価できる。